根据《文化部办公厅关于申报第二批<国家珍贵古籍名录>及第二批全国古籍重点保护单位的通知》（办社图函[2008]488号）的精神，以及广东省文化厅对我省古籍工作进度的计划要求，2008年12月，广东省古籍保护中心积极组织开展第二批《国家珍贵古籍名录》及第二批全国古籍重点保护单位的申报工作，并于2009年1月14日由省文化厅向国家古籍保护中心递交了全部申报材料和相关数据。
    2008年12月8日，广东省文化厅下发《关于申报第二批<国家珍贵古籍名录>及第二批全国古籍重点保护单位的通知》（粤文社[2008]44号），省古籍保护中心积极配合，在做好省立中山图书馆第二批《国家珍贵古籍名录》申报工作的同时，分别联系广州、佛山、新会、汕头、潮州等市图书馆和广东省社科院图书馆、广东省博物馆以及中山大学、华南师范大学、暨南大学、广州中医药大学图书馆，通过互联网交流申报工作的要求和经验，力争按时保质完成申报工作。在这次申报过程中，各图书馆和古籍收藏单位对即将申报的古籍善本逐一进行版本鉴定，认真著录和拍摄书影，在填写申报说明时要求做到客观描述与体现价值相结合，既要抓住馆藏古籍的特点，又要反映其价值所在。在时间紧、要求高和经验少的情况下，各图书馆和古籍收藏单位的工作人员通过交流协商、实践探究，克服了不少困难，终于按时完成了任务。
    2009年1月8日，省古籍保护中心邀请广东省古籍保护工作专家委员会顾问、中山大学骆伟教授和华南师范大学、暨南大学图书馆古籍部负责人在省立中山图书馆召开了第二批《国家珍贵古籍名录》申报工作座谈会。在会上，专家学者指出了这次申报工作中的一些存在问题，与会者通报情况，切磋经验，阅览书影，并对部分申报的古籍进行了审核，力求尽量减少错漏，避免失误。
    我省申报第二批《国家珍贵古籍名录》的收藏单位有12家，共提交了503种古籍文件的数据和书影，全部为一、二级古籍善本。按上报的数量排列如下：广东省立中山图书馆234种、中山大学图书馆183种、华南师范大学图书馆42种、暨南大学图书馆14种、广东省社科院图书馆9种、佛山市图书馆5种、广州中医药大学图书馆4种、江门新会区景堂图书馆4种、广州图书馆3种、广东省博物馆2种、汕头市图书馆2种、潮州市图书馆1种。
    继2008年广东省立中山图书馆和中山大学图书馆被评定为全国古籍重点保护单位后，本次我省有华南师范大学图书馆和暨南大学图书馆申报全国古籍重点保护单位。